Shadow Empires uvodi novi koncept u igru - frakcije. Na početku igre igrač bira svoj narod i frakciju. Postoji 5 frakcija. Svaka počinje na drugoj poziciji na mapi:

Carstvo – u centru	Dinastija – na jugoistoku
Pobunjenici – na severozapadu	Horde – na istoku
Maroderi – na severu

U početku novi igrači određenih frakcija započinju u istom regionu. Kada je region popunjen novi igrači se pojavljuju u susednom, itd. Ne zavisi više od kvadranta ili udaljenosti od centra.

Regioni

Frakcije ne samo da određuju početnu poziciju igrača, već uvode i novi nivo saradnje između igrača.

Regione sada osvajaju frakcije, a ne pojedinačni savezi. Sada frakcije i savezi pomažu u osvajanju regiona i dobijanju pobedničkih poena. Međutim, samo jedan savez može imati pristup drevnim moćima u regionu. Pogledajte članak o regionima i drevnim moćima za više detalja.

Igrači i savezi u frakcijama

Igrači biraju svoju frakciju na početku igre i ne mogu kasnije da promene svoj izbor.

Savez pripada frakciji igrača koji je osnovao savez i također ne može biti promenjeno kasnije.

Međutim, igrači mogu slobodno da se pridruže bilo kojem savezu. Čak i ako počenete igru kao pobunjenik, možete da se pridružite Hordi ili bilo kojoj drugoj frakciji.